学院围绕国家和吉林省农产品加工发展规划和重大技术需求开展教学科研工作，形成了食品科学、农产品加工及贮藏工程、粮食油脂及植物蛋白工程、食品安全4个稳定方向。在玉米、大豆、杂粮等粮食精深加工与营养健康食品及副产物高值化利用、长白山特色动植物和食药用菌等优质资源高效利用与功能性食品开发、农畜产品加工与质量安全控制及评价等方面形成鲜明特色及优势：凝练了粮油科学与功能性食品、酶分子改造及食品营养分子调控、食用菌精深加工与高附加值综合利用、食品新资源开发与利用、农产品加工及贮藏工程、食品生物制造与健康食品开发、食品质量与安全、动物产品及功能食品研究、粮油及其副产物精深加工与高效利用和生物质活性成分研究与农产品高值化10个科研创新团队。

“十三五”期间，先后主持国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家农业农村部现代农业产业体系、国家公益性行业科技专项、吉林省重大科技攻关项目等国家和省部级重大、重点项目129项，纵向横向经费累计达1.1亿元。实现国家级奖励方面零的突破，获国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步一等奖5项、二等奖7项。授权发明专利113件，发表论文619篇，SCI收录131篇，其中二区以上文章35篇，ESI前1%高被引论文1篇，EI收录87篇。“十三五”期间的成果转化数量和经费提升明显，成果转化共51项，转化项目合同经费达到了1788万元，取得了良好的社会效益和经济效益，为企业创造新增经济效益50亿元。培训包括农民、技术工人及工艺师等各类人员1万多人次。在长春中之杰食品有限公司、吉林省维伊康生物科技有限公司、吉林田野泉酿造有限公司和山东嘉华保健品股份有限公司等6家企业建设了科研基地并开展成果示范。