粮食工程系成立于2020年，建有粮食工程专业，前身为轻化工程专业（粮油深加工方向），始建于2000年，2002年获批教育部本科专业，2009年更名为粮食工程专业，2014年被评为吉林农业大学优势特色专业，2019年获批吉林省一流本科专业，2020年获批国家级一流本科专业建设点专业。

粮食工程系依托于粮食、油脂及植物蛋白工程二级博士学位授权学科、轻工技术与工程一级硕士学位授权学科以及食品科学与工程一级学科博士后科研流动站，得以快速度发展。

粮食工程专业面向国家与地方经济社会发展和粮食储运、加工行业转型升级对人才的需求，立足吉林，服务全国，坚持立德树人，培养掌握科学理论和工程实践知识，具备人文社会科学素养、社会责任感和团队合作精神，能够实现终身学习，并胜任粮食储运加工相关领域工作的应用型高级专业人才。多年来，形成了严谨治学、勇于创新、教书育人的优良学风，依托学院的校企联合董事会办学模式以及国家和省部级实践教学平台，为粮食加工相关学科领域培养出1000多名优秀的技术型和科研型人才。

现有专任教师17人，其中教授7人，副教授5人，讲师5人；具有博士学位16人；博士生导师5人，硕士生导师17人，具有1年以上海外（欧美发达国家）访学经历6人。教师中有国家特支计划领军人才1人，科技部中青年领军人才1人，“长白山学者”特聘教授1人，全国优秀科技工作者1人，国家大豆产业技术体系副首席科学家1人，吉林省长白山产业项目研发领军团队带头人1人，吉林省突出贡献中青年专家2人，吉林省拔尖创新人才二层次1人、三层次2人，吉林省优秀教师1人，吉林省高校新世纪优秀人才1人，吉林省青年科技奖获得者1人，吉林省青年托举人才1人，吉林农业大学青年拔尖人才1人。骨干教师是国家级“玉米和杂粮精深加工技术创新与产业化应用创新团队”、“国家粮食行业领军人才创新团队”、吉林省“玉米主食工业化生产关键技术及产业化示范重大项目研发团队”、吉林省“玉米精深加工与功能性食品开发团队”、吉林省“玉米高效转化与精深加工创新团队”等国家和省部级创新团队的核心人员。

粮食工程系现主要承担《粮食加工机械与设备》、《发酵工艺原理》、《食品工程原理》、《粮食贮藏与流通学》、《淀粉及其制品工艺学》、《粮食加工厂设计》、《谷物加工学及利用》、《杂粮及豆类加工及利用》、《玉米深加工及综合利用》等本科生课程38门，研究生课程18门，其中《发酵工艺原理》为吉林省高校线下一流本科生课程，《食品生物技术》为吉林省首批课程思政示范课程。先后建成教育部农科教合作人才培养基地1个、校外教学基地26个。主持和承担国家级教研教改课题1项、省级6项、校级5项，发表教改论文30余篇，主编或参编教材/著作20余部，获校级、院级讲课比赛奖励28项。近三年指导本科生获批立项大学生科技创新和双创项目24项，获省级及以上各类竞赛奖励60余项。

粮食工程系围绕国家和地方农产品精深加工的重大技术需求，形成了粮食深加工与高值化利用、粮食深加工与新资源利用等研究方向。先后主持承担“十三五”国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家公益性行业科技专项、吉林省重大科技攻关项目等国家和省部级重大、重点项目60余项。在国内外学术期刊发表SCI、EI、核心期刊收录论文280余篇，获国家授权发明专利50余项，取得国家和省部级科技成果31项，获国家科技进步二等奖1项、农业部中华农业科技成果一等奖1项、吉林省科技进步一等奖8项、二等奖9项、三等奖6项，取得了显著的社会经济效益。