农产品加工与安全系成立于2021年，由食品质量与安全和酿酒工程两个本科专业组成。食品质量与安全专业被评为省级一流本科专业，校级特色专业，拥有“食品安全与控制”二级学科硕士授权；拥有教育部“动物生产与产品质量安全重点实验室”、吉林省教育厅“农产品深加工与质量安全重点实验室”，省发改委“食品工程与食品安全工程研究中心”、省科技厅“食品生物制造科技创新中心”等5个国家和省部级科研平台。实验室面积2300平方米，仪器设备总值2600万元，为人才培养和科学研究提供了良好的硬件支撑。

现有专任教师23人，其中教授6人（三级教授2人），副教授6人，讲师11人，教师中90%具有博士学位，有博士生导师4人，硕士生导师15人，具有海外留学经历6人。具有吉林省教学名师、第十五批享受省政府津贴人员(省突贡专家)、省长白山产业项目研发领军团队负责人、省高校新世纪科学技术优秀人才、省拔尖创新人才第二层次四层次人选等称号8人次。

食品质量与安全专业2003年开始招生，为全国第三家开设该专业的院系。酿酒工程专业2019年获得教育部批准，2020年开始招生。本系坚持走产学研结合、董事会办学的道路，教学科研相结合。本系与吉林华正农牧业开发股份有限公司建立了“省级大学生实践基地”，与吉林省食品检验所建立了教学科研协作基地，与柳河县山葡萄酒研发中心建立了教学科研基地，与榆树钱酒业有限公司建立了“中国北方白酒新技术联合研发中心”，为国家培养了大批人格素质健全，具有家国情怀，具有解决实际问题的能力及改革创新精神的应用型高级专业人才。在食品生产研发及检测等领域为吉林省和全国食品行业做出了突出贡献，同时为吉林省食品行业和管理部门提供监管建议及技术支持，在食品生产和流通等过程中质量保障和安全控制方面取得了丰硕的成果。

开设《食品毒理学》、《食品卫生检验学》、《食品质量控测技术》、《食品法规与标准》、《酿酒工业分析》、《葡萄酒工艺学》、《蒸馏酒工艺学》、《酿酒机械与设备》、《发酵工程原理与技术》、《酒类风味化学与品尝》、《酿酒工艺类综合实验》等50门课程，建有校级金课1门，打造线上课程2门。

主编《食品毒理学》、《食品加工安全控制》、《食品感官评定》、《农产品及食品风险分析》、《食用农产品药残及质量控测》、《法规标准及CAC法典》、《食用农产品环境学》等教材14部；参编《生物化学》、《食品微生物检验技术》、《食品质量安全检测新技术》、《食品现代仪器分析》、《食品病原微生物》等教材9部。

主持教改课题8项，发表教改论文30余篇；在学院举办的教师讲课大赛中共获得一等奖5人次，二等奖3人次；吉林农业大学讲课大赛中一等奖1人次；首届吉林省高校智慧课堂教学创新大赛三等奖1人次；首届吉林农业大学智慧课堂教学创新大赛二等奖1人次。

科研方面，在食源性致病微生物快速检验、食品加工中危害物生物阻控技术研究方面形成明显科研特色，在有害物质循环毒性机理及损伤修复，食品安全风险分析，农产品无损检测的研发等方面具有较强的技术优势；根据本省资源优势确定了以白酒、葡萄酒为主的专业方向，在山葡萄酒等果酒生物降酸，花青素稳态化技术与应用方面形成都有的科研特色和技术优势。先后主持国家、省部级项目60余项，获吉林省科技进步一等奖一项，二等奖2项，吉林省自然科学学术成果二、三等奖各3项；授权发明专利三十余件，近五年发表高水平论文近两百余篇，其中SCI、EI收录五十余篇。

毕业生主要分布在事业单位和食品相关企业。已有部分毕业生在食品生产管理、品质控制、产品开发、科学研究、工程设计等方面成为精英骨干，为国家和地方经济发展做出了重要贡献。